Tymczasem proces sądowy Borysa Kowerdy rozpoczął się szybko, bowiem 7 czerwca. Broniło go czterech znanych polskich adwokatów: Franciszek Paschalski, Paweł Andrejew, Marian Niedzielski i Henryk Ettinger. Już 15 czerwca został ogłoszony wyrok dożywotnich ciężkich robót, zamieniony następnie na karę 15 lat więzienia. Oba zainteresowane państwa – Polska i ZSRR – miały w tym swój interes. Polacy nie chcieli zaogniać stosunków ze swoim wielkim sąsiadem, z którym zaledwie kilka lat temu zakończyli ciężką wojnę. Z drugiej strony dłuższy proces groził Związkowi Sowieckiemu wyciągnięciem na światło dzienne niewygodnych faktów zarówno dotyczących zabicia rodziny carskiej, jak też innych zbrodni bolszewickich. Sowieci bali się powtórzenia sytuacji z procesu nad innym emigrantem rosyjskim Morisem Konradim w 1923, który zastrzelił w Genewie sekretarza delegacji sowieckiej Wacława Worowskiego. W wyniku zeznań świadków i działań obrońców proces zamienił się w sąd nad bolszewizmem, a także skutkami rewolucji październikowej 1917 r. dla Rosji i Europy. Dla przyspieszenia przewodu procesowego polskie władze wykorzystały przepisy o sądach doraźnych, odnoszące się do przestępstw popełnianych przeciwko polskim urzędnikom. Wyroki takich sądów nie podlegały apelacji.