14 lipca 1992 prezydent Lech Wałęsa nadał mu tytuł profesora nauk ekonomicznych .
Na wrocławskiej uczelni ekonomicznej przeszedł wszystkie szczeble kariery naukowej od asystenta (1970–1971), przez starszego asystenta (1971–1976), adiunkta (1976–1987), docenta (1987–1991) po profesora nadzwyczajnego oraz profesora zwyczajnego. Pełnił też szereg funkcji organizacyjnych. W latach 1987–1991 był kierownikiem Zakładu Metod Komputerowych w Zarządzaniu, w latach 1991–1998 kierownikiem Katedry Metod Komputerowych w Zarządzaniu, w latach 1990–1996 dziekanem Wydziału Zarządzania i Informatyki. W 1999 stanął na czele Katedry Bankowości (początkowo pod nazwą Katedra Zarządzania Bankiem). Od 2005 do 2012 zajmował stanowisko prorektora do spraw nauki. W 2012 został wybrany na rektora Uniwersytetu Ekonomicznego we Wrocławiu na czteroletnią kadencję.
Był profesorem wizytującym na Uniwersytecie Wiedeńskim i na Universität Linz. Ponadto wykładał we wrocławskiej filii Wyższej Szkoły Zarządzania i Bankowości w Poznaniu. W 2007 został przewodniczącym Komitetu Nauk o Finansach Polskiej Akademii Nauk. Zainteresowania naukowe Andrzeja Gospodarowicza koncentrowały się wokół zagadnień związanych z ryzykiem bankowym, bankowością elektroniczną, a także zarządzaniu bankiem.