Mikrobiom, mikrobiota – ogół mikroorganizmów występujących w danym siedlisku. Obejmuje bakterie, grzyby, archeony czy wirusy (). Termin mikrobiom zaproponował Joshua Lederberg na przełomie XX i XXI w., nawiązując zwłaszcza do słów genom i proteom. Ponieważ większość organizmów mikrobioty (zwłaszcza bakterie, grzyby mikroskopijne i niektóre protisty) niegdyś zaliczano do roślin, termin ten jest bliskoznaczny z terminem mikroflora. Z kolei w przypadku mikrobioty glebowej odnosi się w znacznej mierze do mikrofauny. W odróżnieniu od pojęcia mikroflory fizjologicznej, obejmuje on wszystkie mikroorganizmy, nie wyłączając chorobotwórczych. W pewnych ujęciach przyjmuje się rozróżnienie pojęć mikrobiota i mikrobiom, ten pierwszy termin stosując do zespołu organizmów, a drugi do zespołu ich genomówMargit Kossobudzka „Człowiek na bakterie. Jak czerpać energię i zdrowie z jelit”, Warszawa 2018, , s. 29 (ramka pt. Mikrobiom czy mikrobiota? Jaka to różnica?)..