Pojedynek Faraona Po dotarciu do Kopuły Pojedynków Korporacji Kaiby, Yugi zamienia się z Faraonem ciałem, i zaczyna pojedynek z Seto. Choć na początku pojedynek sprzyjał Yami Yugi, to wtedy kiedy Yugi przyzywa wszystkie trzy Karty Bogów, Kaiba aktywuje kartę "Piramida Światła", która tworzy wokół Duelistów replikę Piramidy, a cała trójka Bogów zostaje zniszczona!
Nieświadomie, tym ruchem Kaiba spowodował obudzenie złych mocy, które wsysają dusze Tristana, Joeya i Yugiego do wnętrza Milenijnej Układanki. Tam odkrywają grób Anubisa, który oznajmia im że zamierza zniszczyć ich świat. Podczas walki, Kaiba wprowadza jeszcze jedną kartę Pegasusa – poprzez poświęcenie Niebieskookiego, Potężnego Smoka przyzywa Niebieskookiego Błyszczącego Smoka z zamiarem zniszczenia Piramidy Światła, jako że kiedy Piramida zniknie, on może użyć karty "Powrót z Innego Wymiaru", by przyzwać Slifera, Obeliska i Ra w celu pokonania Yugiego jego własną bronią. Jednakże, Anubis się w pełni odradza i uniemożliwia Kaibie wykonanie tego planu, a zarazem zamierza osobiście zniszczyć Faraona. Tymczasem Yugi znajduje Sztylet Przeznaczenia i niszczy nim oko – źródło mocy Piramidy Światła. Dzięki temu Faraon przyzywa Błękitnookiego Błyszczącego Smoka i poświęca go do zniszczenia Piramidy.