Fabuła Prolog 5,000 lat temu, zły Król Świata Umarłych Anubis został zabity i uwięziony przez Faraona Atema, gdyż zamierzał zniszczyć świat poprzez użycie zakazanej Gry Cieni. W obecnym dniu, grób Anubisa został odkryty przez archeologów, łącznie z tajemniczym skarbem zwanym "Piramidą Światła". W tym samym czasie chłopiec o imieniu Yugi ukończył Milenijną Układankę, w której zapieczętowana była dusza Faraona. W wyniku uwolnienia duszy Faraona, Anubis przebudził się z wiecznego snu, a Gra Cieni znowu się zaczęła...

Zemsta Kaiby Minęły 3 lata, odkąd Yugi Muto/Yami Yugi zaczął grać w Pojedynki Potworów. W swoim życiu zasłynął dzięki zwycięstwu w Królestwie Pojedynków, gdzie pokonał Pegasusa i w finałach Battle City, gdzie w półfinale po raz drugi pokonał mistrza pojedynków, Seto Kaibę i w finale gdzie pokonał Marika Ishtara, dzięki czemu zebrał 3 wszechpotężne Karty Egipskich Bogów: Slifer, Niebiański Smok; Obelisk Dręczyciel oraz Skrzydlaty Smok Boga Ra. Te czyny spowodowały, że każdy gracz pragnął walczyć z Yugim o jego sławę;