Historia Mobilnej Jednostki Dowodzenia Operacjami Powietrznymi jest ściśle powiązana z historią 31 Ośrodka Dowodzenia i Naprowadzania (31 ODN), który to po przeformowaniu z dniem 31.12.2010 r. utworzył nową jakość wojska w narodowym systemie Obrony Powietrznej Kraju.
Proces tworzenia jednostki dowodzenia i naprowadzania statków powietrznych w m. Babki rozpoczął się z chwilą powołania przez dowódcę 3 Korpusu Obrony Powietrznej 13 stycznia 2003 Grupy Organizacyjnej, której zadaniem było przygotowanie niezbędnej dokumentacji dla nowo formowanej jednostki oraz obsady personalnej.
Mobilna Jednostka Dowodzenia Operacjami Powietrznymi jako spadkobierczyni 31 ODN stała się integralnym elementem systemu dowodzenia Sił Powietrznych podległą Dowódcy Centrum Operacji Powietrznych – Dowódcy Komponentu Powietrznego realizując zadania w przydzielonym sektorze odpowiedzialności.
Tradycje Decyzją nr 21/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 9 marca 2018, MJDOP przejęła i z honorem kultywuje tradycje 305 Dywizjonu Bombowego Ziemi Wielkopolskiej im. Marszałka Józefa Piłsudskiego, a także otrzymała imię płk. pil. Szczepana Ścibiora.