Po wycofaniu się wojsk francuskich w 1804 r. pozostał w Cesarstwie Haiti. Brał udział w życiu politycznym państwa. Zgodził się przyjąć postanowienia konstytucji haitańskich z 1804 r. i 1805 r. o supremacji monarchy nad Kościołem co oznaczało zerwanie przez prefekturę apostolską Cap-Français jedności ze Stolicą Apostolską i początek tzw. schizmy haitańskiej.
7 października 1804 r. przyjął od cesarza Jeana-Jacques’a Dessalines’a godność arcybiskupa Haiti, a następnie 8 października 1804 r. przewodniczył uroczystościom jego intronizacji.
Po 1806 r. Corneille Brelle poparł haitańskiego generała Henriego Christophe’a w jego walce o władze po śmierci cesarza Jacques’a I Dessalinesa. W 1807 r. był jednym z sygnatariuszy konstytucji utworzonego na północnym wschodzie wyspy Państwa Haiti. W 1811 r. był jednym sygnatariuszy konstytucji Królestwa Haiti.
Po proklamowaniu Królestwa Haiti został mianowany przez króla Henriego I Christophe’a kardynałem-arcybiskupem Haiti, wielkim jałmużnikiem i księciem de l'Anse. Jego nominacji biskupiej oraz tytułu kardynalskiego nigdy nie uznała Stolica Apostolska.