Posiadał wówczas około 500 łóżek.

Okres powojenny Po zakończeniu II wojny światowej rozpoczęła się odbudowa szpitala. W lutym 1946 r. został przejęty przez Ubezpieczalnię Społeczną, która rozpoczęła jego planową odbudowę.

W 1954 roku do rozbudowy na cele szpitalne przydzielono sąsiedni budynek bursy Ks. Siemaszki. Jej adaptacja trwała do 1957 roku.

W marcu 1972 r. otwarto Ośrodek Hemodializy i Transplantologii III Katedry i Kliniki CM UJ.

Od 18 grudnia 1998 roku szpital posiada status Samodzielnego Publicznego Zakładu Opieki Zdrowotnej, udzielającego świadczeń medycznych na poziomie II stopnia referencji.

28 czerwca 2000 r. szpital otrzymał nowy statut. Zgodnie z Uchwałą Rady Miasta Krakowa nastąpiła zmiana nazwy z Wojewódzkiego Szpitala Specjalistycznego na Szpital Miejski Specjalistyczny im. G. Narutowicza.

20 grudnia 2011 r. oddano do użytku lądowisko dla śmigłowców sanitarnych – Szpitalny Oddział Ratunkowy spełnia wymogi Ustawy o Państwowym Ratownictwie Medycznym.

17 grudnia 2013 r.