15 października 1992 parafię w Białej Niżnej przejmuje Stowarzyszenie Apostolstwa Katolickiego (księża Pallotyni). Ówczesny prowincjał pallotyński ks. Stanisław Martuszewski SAC (pochodzący z niedalekiej parafii Krużlowa) zgłosił wcześniej biskupowi Ablewiczowi gotowość objęcia parafii w diecezji tarnowskiej przez pallotynów. Po podpisaniu umowy między Zarządem Prowincjalnym Palotynów a bpem tarnowskim i Zarządem Generalnym Sióstr Dominikanek rozpoczynają posługę w parafii 27 października 1992. Pierwszym pallotyńskim proboszczem zostaje ks. Mieczysław Lis SAC.
W 1992 rozpoczęto dzieło budowy nowego kościoła parafialnego, rozpoczął je proboszcz ks. Ryszard Radoń. Budowa dokładnie ruszyła 13 maja 1994 r. pod przewodnictwem nowego proboszcza ks. Tadeusza Łojasa SAC. 9 kwietnia 1997 r. ówczesny bp tarnowski Józef Życiński nadał kościołowi tytuł Miłosierdzia Bożego. Kamień węgielny dla kościoła poświęcił papież Jan Paweł II w Zakopanem 7 czerwca 1997 r. podczas VI pielgrzymki do Polski. W roku jubileuszowym (2000) – 1 października bp Władysław Bobowski poświęcił kościół. Kościół wybudowano według projektu Stefana Szewczyka. Pierwszą mszę św. w kościele parafialnym (w stanie surowym) sprawowano w uroczystość Bożego Ciała w 1998 r.