Po aneksji Łotwy do ZSRR metropolita moskiewski i kołomieński Sergiusz skierował arcybiskupa Sergiusza (Woskriesienskiego) w celu przeprowadzenia rozmów o przyłączeniu autonomicznego Kościoła Łotewskiego do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Metropolita Augustyn zgodził się na likwidację autonomii i w 1941 został oficjalnie członkiem episkopatu Patriarchatu Moskiewskiego. Na własną prośbę przeszedł w stan spoczynku. Po ataku niemieckim na ZSRR i zajęciu ziem łotewskich przez III Rzeszę metropolita Augustyn ogłosił powrót do Patriarchatu Konstantynopolitańskiego i ponowne objęcie obowiązków metropolity. Równolegle na terytorium tym działał podległy Patriarchatowi Moskiewskiemu Egzarchat Krajów Bałtyckich kierowany przez metropolitę Sergiusza (Woskriesienskiego). We wrześniu 1944 został ewakuowany do Niemiec. Organizował opiekę duszpasterską nad prawosławnymi emigrantami z Łotwy. Formalnie wszedł w skład Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji. Założył Estoński Kościół Prawosławny na wygnaniu i pozostawał do śmierci jego zwierzchnikiem. Zmarł po chorobie w Gauting i tam został pochowany.