Po rozbiorach Polski i aneksji ziem litewskim do Imperium Rosyjskiego prawosławie stało się, podobnie jak w całej Rosji, wyznaniem uprzywilejowanym. Na mocy zatwierdzonych przez cara decyzji synodu połockiego wierni uniccy zostali administracyjnie zaliczeni w poczet wiernych Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Władze rosyjskie odebrały katolikom łacińskim kilkanaście obiektów sakralnych, adaptując je następnie na cerkwie. Kampania propagowania prawosławia, połączona z rusyfikacją w sferze językowej i kulturowej, uległa szczególnemu nasileniu po stłumieniu powstania styczniowego.
W niepodległej II Rzeczypospolitej funkcjonowała diecezja wileńsko-lidzka Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego, podczas gdy na ziemiach niepodległej Litwy kontynuowała działalność eparchia wileńska i litewska Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. W okresie przynależności Litwy do ZSRR Kościół prawosławny nie poniósł większych strat – w celu utrudniania wszelkimi sposobami działalności większościowego Kościoła katolickiego władze radzieckie znacząco ograniczyły skalę represji wobec prawosławia i tylko w kilkunastu przypadkach zlikwidowały prawosławne parafie. Zezwoliły także na kult męczenników wileńskich.