Wiosną 2005 Juninho został zawodnikiem drużyny Botafogo FR z miasta Rio de Janeiro, gdzie przez pierwszy rok nie potrafił sobie jednak wywalczyć miejsca w wyjściowym składzie. Niepodważalne miejsce w pierwszej jedenastce zapewnił sobie dopiero podczas kolejnych rozgrywek, zastępując na środku obrony zmagającego się z urazem Rafaela Scheidta. Szybko został kluczowym zawodnikiem zespołu prowadzonego przez trenera Cucę i idolem kibiców Botafogo. W 2006 roku wraz ze swoją ekipą wygrał ligę stanową – Campeonato Carioca, a premierowego gola w lidze brazylijskiej strzelił 20 września tego samego roku w wygranej 2:1 konfrontacji z EC Juventude. W sezonie 2007 zajął natomiast z Botafogo drugie miejsce w lidze stanowej, w rozgrywkach Série A z dziesięcioma bramkami na koncie został trzecim najskuteczniejszym zawodnikiem drużyny, a jego świetne występy zaowocowały trzecim miejscem w plebiscycie na najlepszego stopera ligi brazylijskiej – ustąpił wówczas tylko Mirandzie i Alexowi Silvie.