W latach 1997–2006 wszystkie maszyny zmodernizowano do wersji E-6B. Modernizacja polegała na wymianie jednostek napędowych, instalacji nowej, cyfrowej awioniki oraz nowych stanowisk dowodzenia i łączności. W 2010 roku rozpoczęto generalne remonty struktury samolotów E-6. Dzięki temu maszyn będą mogły teoretycznie pozostać w służbie aż do roku 2040. Pierwszy ze zmodernizowanych w ten sposób samolotów został zaprezentowany 15 czerwca 2010 roku w Tinker Air Force Base w Oklahomie. W bazie mieszczą się warsztaty odpowiedzialne za remonty samolotówAmerykanie wydłużają życie E-6B Mercury, „Lotnictwo”, nr 8 (2010), s. 10, .
Służba Samoloty znajdują się na stanie jednostek VQ-3 i VQ-4 wchodzących w skład Strategic Communications Wing One z Tinker Air Force Base w Oklahomie. Maszyny operują również z Travis Air Force Base położonej w Kalifornii oraz Naval Air Station Patuxent River w stanie Maryland. Obie jednostki wchodzą w skład systemu TACAMO (Take Charge and Move Out). Ich zadaniem jest utrzymywanie łączności z atomowymi okrętami podwodnymi, nosicielami rakiet balistycznych z głowicami jądrowymi. Od października 1998 roku samoloty marynarki przejęły zadania maszyn Boeing EC-135C należących do United States Air Force.