Klasztor podźwignięty z powojennej zawieruchy przeszedł również reorganizację dyscypliny zakonnej, która w czasie wojen znacznie podupadła. Zakonnikom zalecono odnowienie oficjum, zachowywanie milczenia, powstrzymanie się od nieumiarkowanego jedzenia i picia. Mieli oni również zrezygnować z prywatnych dochodów, używać lnianej odzieży i nie wpuszczać kobiet do klauzury. Mimo trudnego okresu opactwo było w dobrej kondycji finansowej, wybudowano nowe obiekty klasztorne i zakupiono nowe dobra ziemskie.
W 1524 klasztor kamieniecki padł ofiarą dużego pożaru. Po tym czasie nastąpił też znaczny spadek liczby zakonników (w 1572 zaledwie czterech, a na przełomie wieków sześciu). Kolejnym okresem, w którym klasztor podupadł była wojna trzydziestoletnia. Opactwo i jego posiadłości zostały doszczętnie zdewastowane i ograbione. Dodatkowo w 1633 wybuchła epidemia dżumy.