Nicefor Gregoras, Romaïke Historia, V.2, §§ 6–7. Chociaż na ogół uważa się zmianę stanowiska Bekkosa za autentyczną zmianę przekonań, ostatnio niektórzy autorzy kwestionują ten pogląd (zob. Gerhard Richter, Johannes Bekkos und sein Verhältnis zur römischen Kirche, Byzantinische Forschungen 15 (1990), ss. 167–217 oraz A. Riebe, Rom in Gemeinschaft mit Konstantinopel (2005). Z drugiej strony Vitalien Laurent analizując list Bekkosa do papieża Jana XXI z 1277 r. zauważa, że: literatura bizantyńska nie posiada innego tekstu, w którym by prawa rzymskiego papieża zostały tak uroczyście i wyraźnie uznane (V Laurent, Les regestes des Acts du patriarcat de Constantinople, vol. 1, fasc. IV, Paris 1971, s. 255). To dzięki jego energicznym zabiegom synod Kościoła greckiego podpisał pod koniec 1273 r., mimo sprzeciwu patriarchy Józefa, dokument uznający zwierzchność Stolicy Piotrowej. Po abdykacji patriarchy Józefa I Galezjotesa na początku 1275 r., na znak protestu przeciw unii lyońskiej, Bekkos, wówczas chartofylaks został wybrany jego następcą. Stosunki pomiędzy cesarzem a nowym patriarchą nie były pozbawione napięć. Wobec narastającej opozycji wobec unii cesarz nie cofnął się przed represjami nawet wobec członków rodziny cesarskiej. Bekkos błagał cesarza, by ten złagodził swoje postępowanie wobec przeciwników unii.