Na początku VIII wieku w klasztorze Lindisfarne powstał znany iluminowany manuskrypt, znany jako Ewangeliarz z Lindisfarne. Jest to rękopis czterech ewangelii, sporządzony prawdopodobnie przez Eadfrita, mnicha z Lindisfarne i późniejszego biskupa. W X wieku mnich Aldred dodał do łacińskiego tekstu tłumaczenie na język staroangielski, a pustelnik Billfrith ozdobił całość drobnymi elementami metalowymi. Oryginał przechowywany jest w zbiorach British Library, a kopia wystawiona jest dla zwiedzających w katedrze w Durham.
W roku 793 klasztor został zaatakowany przez wikingów i splądrowany. Ten bezprecedensowy akt agresji traktowany jest jako początek epoki wikingów w Brytanii. Ciągłe najazdy Normanów zmusiły mnichów do opuszczenia klasztoru w 875 roku. Ekshumowano również szczątki św. Kutberta i przeniesiono je do Durham. Została tam również w roku 1000 przeniesiona siedziba biskupstwa.
Klasztor został reaktywowany według reguły benedyktyńskiej w 1093 roku za rządów dynastii normandzkiej. Funkcjonował do 1536 roku, kiedy to Henryk VIII rozpoczynając reformę kościoła zlikwidował wszelkie zgromadzenia zakonne.