Prowadzone symulacje przepływów turbulentnych obarczone są wieloma wadami. Konieczne są olbrzymie moce komputerów z uwagi na wielką liczbę zmiennych dynamicznych koniecznych do analizy, oraz z uwagi na konieczność uwzględnienia więzów. Z tych ostatnich powodów obliczenia prowadzi się zwykle przy użyciu tak zwanych siatek adaptujących, co polega na prowadzeniu symulacji przy założeniu rzadkiej siatki obliczeniowej, po czym konsekwentnym zagęszczaniu jej oczek w miejscach, które z racji zmienności przepływu wymagają większej dokładności. Nie są jednak należycie rozwiązane kwestie stabilności numerycznej takiej procedury, a tym bardziej jej odniesienie do równań N-S.
Ważnym problemem jest kwestia nieuniwersalności przepływu: użyteczność symulacji polega na możliwości zastosowania jej do modelowania wielorakich sytuacji doświadczalnych. Ze względu na niektóre elementy zjawiska, które silnie zależą od geometrii przepływu oraz od efektów pobocznych jak drgania, zanieczyszczenia, gładkość powierzchni, przepływ ciepła, może się okazać, że przeniesienie czysto symulacyjnej analizy do układu rzeczywistego nie jest adekwatne. Nie sposób bowiem zaniedbać wpływu np.