Pierwszy publiczny koncert zorganizowano 22 sierpnia 2001 r., zaś I Bydgoskie Wieczory Organowe u Ojców Jezuitów zainaugurowano 30 października 2001 roku koncertem profesora bydgoskiej Akademii Muzycznej – Piotra Grajtera. W organizacji festiwalu uczestniczyli m.in. Jerzy Kukla (dyrektor artystyczny), Wojewódzki Ośrodek Kultury, Radio Plus, ojcowie Jezuici oraz Akademia Muzyczna im. Feliksa Nowowiejskiego w Bydgoszczy.
W początkowej fazie koncertowali w Bydgoszczy profesorowie i wykładowcy polskich Akademii Muzycznych, m.in. Piotr Grajter, Elżbieta Karolak, Irena Wisełka-Cieślar, Jerzy Kukla, Roman Perucki, Radosław Marzec, Waldemar Gawiejnowicz, Ewa Polska. Do muzykowania zapraszano także wybitnych młodych wykonawców z Polski oraz organistów z zagranicy, m.in.: Zuzanę Ferjencikową, Gieorgija Kurkova, Witalija Pivnova, Irinę Kalinovskaya i Zygmunta Strzępa.
Do 2006 r. w ramach „Wieczorów Organowych” odbyło się 40 koncertów z udziałem 26 organistów, 6 artystów prezentujących inne specjalności wykonawcze (wokaliści i instrumentaliści), 4 chórów oraz 2 orkiestr.