Pół roku później Jan Kazimierz został królem, a 30 maja 1649 r. doszło do zawarcia małżeństwa Ludwiki i Kazimierza. Z jej inicjatywy dokonano 1 kwietnia 1656 roku ślubów lwowskich, oddając Królestwo Polskie pod opiekę Najświętszej Maryi Pannie. 1 grudnia 1656 roku królowa zawarła sojusz z cesarzem, który obiecał pomoc 4000 żołnierzy przeciwko Szwecji i zobowiązał się, że będzie nakłaniał elektora brandenburskiego i Kozaków do uznania polskiego zwierzchnictwaWacław Sobieski, Bałtycka polityka Mazarina i wywołana przez nią opozycja we Francji (1655-1656), w: idem, Trybun ludu szlacheckiego, Warszawa 1978, s. 334, 344..
Tymczasem szlachta coraz bardziej za nią nie przepadała. Sprowadziła do Polski trzy zakony: księży misjonarzy w 1651, siostry miłosierdzia w 1652 oraz wizytki w 1654. Założyła w 1661 pierwszą polską gazetę „Merkuriusz Polski”Magdalena Szyszka, Historia pierwszej gazety – „Merkuriusz Polski”; „Merkuriusz Polski” – e-Kolekcja Czasopism Polskich [dostęp 2012-01-18].. Miała ambitne plany gospodarcze i polityczne.
Postulowała wzmocnienie władzy króla i senatu, zmianę systemu głosowania w sejmie oraz elekcję vivente rege.