jedną z głównych ról w Psychozie IV: Początek i w Wichrach namiętności.
Początkowo miał grać młodego króla Artura w miniserialu Merlin (1998), ale odmówiono mu wjazdu do Anglii z uwagi na problemy z dokumentami; został zastąpiony w obsadzie przez Paula Currana.
W 1996 ponownie uzyskał nominację do Złotych Globów w kategorii aktor drugoplanowy w serialu, miniserialu lub filmie telewizyjnym za rolę w produkcji HBO Świadek oskarżenia z 1995.
W latach 90. pisał piosenki i był gitarzystą lokalnego zespołu z San Antonio o nazwie The Blue Heelers (nazwanego od rasy psa). Zespół nie podpisał kontraktu z wytwórnią płytową, jednak jego autorski album Twister został dobrze przyjęty i cieszył się powodzeniem w rozgłośniach radiowych w całym stanie. W 1998 jego piosenka „Truckstop Coffee” nagrana z Blue Heelers pojawiła się na ścieżce dźwiękowej V2 do dramatu Niagara, Niagara, gdzie wystąpił jako Seth.
W 2003 Henry Thomas i Nikki Sudden współpracowali nad ścieżką dźwiękową do filmu Mikiego Kaurismäkiego Honey Baby, w którym znalazły się cztery oryginalne utwory napisane i wykonane przez aktora jako fikcyjnego muzyka Toma Bracketta. W 2013 został wpisany do sali sław Texas Film Hall of Fame.