Bawaria znalazła się wkrótce w granicach Świętego Cesarstwa Rzymskiego, przy czym zajmowała południową część dzisiejszego kraju związkowego. Na północy regionu istniały mniejsze kraje, w tym Burgrabstwo Norymbergi, księstwo biskupie Bambergu i Wolne Miasto Norymberga, a w XIV wieku sięgało tu władztwo Czech (Czeski Palatynat). W 1070 r. tron bawarski został przez króla niemieckiego Henryka IV oddany sprzymierzonym z nim Welfom (1070–1139 i 1156–1180). Od 1180 do 1918 r. Bawaria była rządzona przez członków dynastii Wittelsbachów, którzy od 1623 r. byli elektorami.
W 1806 r. stała się królestwem. W 1806 r. do Bawarii włączono Norymbergę, a w 1815 Palatynat Reński. Od 1818 r. stała się monarchią konstytucyjną (na podstawie Aktu Konstytucyjnego, Verfassungs-Urkunde). Panujący od 1825 roku Ludwik I Wittelsbach zmienił oficjalny zapis nazwy państwa z Baiern na Bayern;