2001–2004: Elephunk Trzeci album Elephunk grupa nagrywała niemal dwa lata. Jego premiera miała miejsce 24 czerwca 2003. Jest to pierwsza płyta nagrana z byłą wokalistką grupy Wild Orchid, Stacy Ferguson znaną także jako Fergie. Wcześniej propozycję dołączenia do zespołu złożono Nicole Scherzinger, wokalistce girlsbandu The Pussycat Dolls, jednak ta odmówiła.

Z albumu wydano antywojenną piosenkę „Where Is the Love?”, która zadebiutowała na 8. miejscu na liście Billboard Hot 100. W Australii przez sześć tygodni utrzymywała się na 6. pozycji. Drugi singel „Shut Up”, zadebiutował na miejscu 2. w Wielkiej Brytanii. Zdobył platynową płytę w USA, Wielkiej Brytanii i Niemczech. Trzeci „Hey Mama”, w Australii zajął 5. miejsce, a w Wielkiej Brytanii 10. W Niemczech zadebiutował na 23. miejscu. „Let’s Get It Started”, w 2005 zdobył Nagrodę Grammy, i otrzymał dwie nominacje w kategorii „Record of the Year” (Nagranie roku) i „Best Rap Song” (Najlepsza piosenka rap).

W 2004 zespół wspierał kampanię prezydencką Johna Kerry’ego.