W latach 1955–1966 pracował we Wrocławiu w Wydawnictwie Ossolineum. W 1965 został zatrudniony w opolskiej WSP, gdzie pełnił wiele funkcji, w tym prorektora ds. nauki współpracy z zagranicą (1975-1981), a potem dyrektora Instytutu Filologii Polskiej. Przez pewien czas kierował także Studium dla Pracujących Wydziału Filologiczno-Historycznego WSP. Wiele lat sprawował funkcję prezesa Opolskiego Oddziału Towarzystwa Literackiego im. Adama Mickiewicza. Ponadto był prezesem oraz wiceprezesem Opolskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk. Wchodził w skład Komitetu Nauk o Literaturze Polskiej Polskiej Akademii Nauk i Rady Naukowej Instytutu Badań Literackich PAN. Zmarł w 12 listopada 1994 w Opolu.
Działalność naukowa Marian Kaczmarek należał do najwybitniejszych znawców literatury staropolskiej, której poświęcił kilkadziesiąt artykułów i 6 książek. Do najważniejszych z nich należąZa katalogiem Biblioteki Narodowej w Warszawie [on-line] [dostęp: 25.02.2012]: Antologia pamiętników polskich XVI wieku, wyd. Ossolineum, Wrocław 1966. Epicki kształt poematów historycznych Samuela Twardowskiego, wyd. Ossolineum, Wrocław 1972. Sarmacka perspektywa sławy: nad Wojną chocimską Wacława Potockiego, wyd. Ossolineum, Wrocław 1982. Barok i barokowość w literaturze polskiej, wyd.