Szata roślinna Dla lasów Krainy Mazursko-Kurpiowskiej charakterystyczna jest dominacja świerka pospolitego. Inne częstsze gatunki drzew to sosna zwyczajna, grab pospolity i lipa drobnolistna. Buk zwyczajny występuje jedynie wyspowo, a zachodnia granica krainy jest w przybliżeniu zbieżna ze wschodnią granicą jego zasięgu. Trzy większe kompleksy leśne to Puszcza Borecka, Puszcza Piska i Puszcza Kurpiowska (Zielona). Zespoły leśne obu okręgów nieco się różnią (np. w okręgu kurpiowsko-piskim większy udział ma sosna, a mniejszy grab i lipa, a Pojezierze Mazurskie nawiązuje do Krainy Suwalsko-Augustowskiej m.in. obecnością świerczyny na torfie).
Dla krainy, a zwłaszcza okręgu pojeziernego, charakterystyczne są torfowiska o dużym zróżnicowaniu typologicznym. Najczęstsze są torfowiska niskie i przejściowe, ale występują też wysokie, choć typowe wysokie torfowiska ombrogeniczne są w granicach tej krainy rozproszone i rzadkie. Zdarzają się także torfowiska źródliskowe. Torfowiska przechodzą w lasy i bory bagienne, a w wyniku osuszenia w łąki.