Zyskał sobie sławę dobrego parlamentarnego mówcy. W 1980 został jednym z głównych mówców opozycji, a w 1987 członkiem gabinetu cieni jako minister służb socjalnych. W 1983 prowadził kampanię wyborczą Neila Kinnocka na lidera laburzystów. W latach 1989–1992 był opozycyjnym ministrem zdrowia, w latach 1992–1994 opozycyjnym ministrem handlu. W 1994 został ministrem spraw zagranicznych w gabinecie cieni.
Po wygranych przez Partię Pracy wyborach w 1997 r. Cook został ministrem spraw zagranicznych. Na czas jego urzędowania przypadły brytyjskie interwencje w Kosowie i Sierra Leone. Zwłaszcza ta druga wywołała wiele kontrowersji, gdyż nie była sankcjonowana przez Radę Bezpieczeństwa ONZ. Cook próbował również być mediatorem w sporze o Kaszmir między Indiami a Pakistanem, ale jego propozycja została przez oba państwa odrzucona. Zasługą Cooka było natomiast przyspieszenie biegu spraw w sprawie katastrofy lotu Pan Am 103. Ministrowi udało się uzyskać zgodę strony libijskiej na wydanie podejrzanych i ich proces na neutralnym terenie. Cook kwestionował również prawo Izraela do zwierzchnictwa nad Jerozolimą, co spowodowało zgrzyt dyplomatyczny w marcu 1998 podczas wizyty Cooka w Izraelu. Premier Beniamin Netanjahu odwołał planowany obiad z Cookiem.