Po rozpadzie Sex Pistols w 1978 założył z Paulem Cookiem zespół The Professionals z którym nagrał jeden album. W 1981 grupa została rozwiązana po wypadku samochodowym jaki przytrafił się muzykom podczas trasy po USA. W latach 1982–1985 był członkiem zespołu Chequered Past.
Później brał udział w nagraniach lub występował gościnnie z takimi wykonawcami jak: Thin Lizzy, Joan Jett, Adam Ant, Bob Dylan, Iggy Pop, Andy Taylor czy Megadeth. W 1987 nagrał album Mercy, który wypełniły utwory w stylu hardrockowym. Piosenka tytułowa z tej płyty została wykorzystana w serialu Miami Vice. W 1989 zrealizował kolejny album Fire and Gasoline, cięższy w brzmieniu od swojego poprzednika, na którym znalazł się m.in. utwór Sex Pistols „Did You No Wrong” zaśpiewany przez Axla Rose’a. Drugim gościem na płycie był Nikki Sixx znany z Mötley Crüe, który zaśpiewał w piosence „We’re No Saints”.
W 1996 Jones razem z Duffem McKaganem, Mattem Sorumem i Johnem Taylorem utworzył zespół Neurotic Outsiders, który nagrał jeden album. Jeszcze w tym samym roku z Johnem Lydonem, Glenem Matlockiem i Paulem Cookiem reaktywował Sex Pistols, który z dłuższymi lub krótszymi przerwami gra do dziś.