Struktury eparchii zostały niemal całkowicie zniszczone w czasie masowych prześladowań prawosławnych w ZSRR w latach 30. XX wieku. Część świątyń zwrócono Kościołowi prawosławnemu dopiero po agresji niemieckiej na ZSRR. W latach 1959–1989 biskupi czernihowscy byli równocześnie locum tenens eparchii sumskiej. W latach 80. XX wieku, razem ze zmianami politycznymi w ZSRR, rozpoczęło się odbudowywanie struktur administratury.
Eparchii podlega pięć klasztorów: monaster św. Jerzego w Danewce, żeński monaster Narodzenia Matki Bożej w Domnicy, męski Jelecki Monaster Zaśnięcia Matki Bożej, żeński monaster św. Laurentego Czernihowskiego w Beresoczu, żeński monaster Przemienienia Pańskiego w Nowogrodzie Siewierskim, męski
Biskupi czernihowscy Łazarz (Baranowicz), 1657–1692 Teodozjusz (Połonicki-Uglicki), 1692–1696 Jan (Maksymowicz), 1697–1712 Antoni (Stachowski), 1713–1721 Irodion (Żurakowski), 1722–1734 Hilarion (Rogalewski), 1735–1738 Nikodem (Skrebnicki), 1738–1740 Antoni (Czernowski), 1740–1742 Ambroży (Dubnewycz), 1742–1750 Herakliusz (Komarowski), 1752–1761 Cyryl (Laszewecki), 1761–1770 Teofil (Ihnatowicz), 1770–1788 Hieroteusz (Malicki), 1788–1796 Wiktor (Sadkowski), 1796–1803 Michał (Diesnicki), 1803–1818 Szymon (Kryłow-Płatonow), 1818–1820 Laurenty (Bakszewski), 1820–1831 Włodzimierz (Użynski),