Z czasem jednak zbliżyła się do cesarza i awansowała do wyższej rangi.

27 kwietnia 1856 urodziła mu syna, późniejszego cesarza Tongzhi i od tej pory jej pozycja na dworze zaczęła rosnąć. Usunęła w cień pozostałe konkubiny i wykorzystując bezdzietność pierwszej żony cesarza, stała się najważniejszą osobą w pałacu.

Regentka 22 sierpnia 1861 roku zmarł cesarz Xianfeng. Cesarstwo znajdowało się w trudnej sytuacji, krótki czas przed śmiercią cesarza zakończyła się II wojna opiumowa, podczas której wojska francuskie i brytyjskie zdobyły Pekin, a także splądrowały i zburzyły monumentalny Stary Pałac Letni.

Po śmierci cesarza Cixi wspólnie z inną konkubiną, cesarzową Zhen odsunęły od władzy radę regencyjną i objęły władzę w imieniu małoletniego syna. Sprawowała ją do 1873, sprawując faktyczne rządy nad państwem.

W 1872 Tongzhi poślubił księżniczkę Alute, co spowodowało konflikt z matką, który zaostrzył się jeszcze po objęciu przez cesarza pełni władzy rok później. W 1875 roku cesarz zmarł w niewyjaśnionych okolicznościach, a jego żona rzekomo popełniła samobójstwo. Przypuszcza się, że zostali zamordowani na polecenie Cixi.