W latach 90. Stańko współpracował intensywnie z przedsiębiorstwem ECM. W 1994 roku nagrał album Matka Joanna, a w 1997 Leosia. Prawdziwym przebojem stała się w 1997 roku jego kolejna płyta: Litania, zawierająca kompozycje Krzysztofa Komedy. Sukcesem były także koncertowe wykonania utworów z Litanii podczas różnych występów festiwalowych. W 1998 roku producent ECM, Manfred Eicher, zorganizował sesję From the Green Hill, zespół-projekt, kierowany przez Stańkę, który zgromadził gwiazdy wytwórni. W nagraniach uczestniczyli Dino Saluzzi, John Surman, Michelle Makarski, Anders Jormin i Jon Christensen. Większość kompozycji zarejestrowanych na płycie to utwory skomponowane przez Stańkę.
W 1994 roku Stańko zrealizował również nagrania dla potrzeb filmu i teatru. Zaprosił wtedy na sesje pianistę Marcina Wasilewskiego, basistę Sławomira Kurkiewicza i perkusistę Michała Miśkiewicza. Rezultatem było powstanie kwartetu, który w 2001 roku nagrał dla ECM album Soul of Things. Płyta ukazała się w 2002 roku, a zawartą na niej muzykę uznano za „modelowy wzorzec stylu Stańki”, a brzmienie jego trąbki określono jako „niepowtarzalne, mroczne i intensywne”.