Część maszyn G6M1–L2 wykorzystywana była w sztabach flotylli powietrznych jako samoloty dyspozycyjne. Samoloty G6M1–L2 wykorzystywano w 1, 2 i 3 Kōkūtai oraz w Kōkūtai 1001 i 202 (jednostki lotnictwa transportowego) i Tainan KōkūtaiMartin Ferkl, Mitsubishi G4M "Betty", REVI Publications, 2002, s. 51, . Ostatnim zadaniem wersji G6M1–L2 było przewiezienie z Kisarazu w Japonii na wyspę Ie-jima (Riukiu) delegacji pod przewodnictwem generała Torashiro Kawabe w celu odbycia rozmów kapitulacyjnych z generałem Douglasem MacArthurem. Misje wykonały dwie maszyny oznaczone jako Bataan 1, pod którym krył się samolot G6M1–L2 i Bataan 2, którym była G4M1. Obydwa samoloty pomalowane były całe na biało, a w miejscu zarezerwowanym dla Hinomaru zostały wymalowane zielone krzyże. Kryptonimy Bataan wybrał osobiście MacArthur a nawiązywały one do bataańskiego marszu śmierci. Po wylądowaniu na Ie jima japońska delegacja przesiadła się na pokład amerykańskiego Douglas C-54 Skymaster, którym polecieli do Manili na Filipinach, gdzie oczekiwał na nich MacArthur. Po zakończeniu rozmów japońska delegacja wróciła na Ie-jima, lecz z powodu awarii G4M1 wszystkich musiał na pokład wziąć Bataan 1.