W czasie „potopu szwedzkiego” stanął, początkowo, po stronie Karola X Gustawa. Postawa ta jednak nie była wyjątkowa, podobnie postąpili ówcześni hetmani i późniejszy król Jan Sobieski. Już wiosną 1656 wrócił jednak pod rozkazy Jana Kazimierza. W 1658 został strażnikiem polnym koronnym. W 1660 r. Wiśniowiecki wszedł do senatu jako wojewoda bełski. Związał się z profrancuską partią skupioną wokół monarchy i królowej Marii Ludwiki, licząc na uzyskanie tą drogą kolejnych godności. Podczas rokoszu Lubomirskiego stanął po stronie dworu, a wiosną 1668 został mianowany hetmanem polnym koronnym. Po abdykacji Jana Kazimierza związał się ze stronnictwem austriackim, jednak w czasie elekcji w 1669 roku poparł kandydaturę swego kuzyna Michała Korybuta Wiśniowieckiego, podpisał jego pacta conventaPorzadek na seymie walnym electiey między Warszawą a Wolą przez opisane artykuły do samego tylko aktu elekcyey należące vchwalony y postanowiony, Roku Pańskiego tysiąc sześćset sześćdziesiąt dziewiątego dnia wtorego miesiąca maia. [b.n.s]. Elektor Jana III Sobieskiego z województwa bełskiego w 1674 rokuVolumina Legum, t. V, Petersburg 1860, s.