W 1946 głównym zadaniem tego urzędu było zwalczanie 5 Brygady Wileńskiej AK Zygmunta Szendzielrza "Łupaszki", zwłaszcza szwadronu dowodzonego przez Zdzisława Badochę "Żelaznego". Operacjami przeciw Brygadzie kierował Wydział III WUBP kierowany przez Jana Wołkowa. Latem 1946 przez gdański WUBP została aresztowana i poddana śledztwu łączniczka i sanitariuszka 5 Brygady, Danuta Siedzikówna "Inka", skazana na śmierć i zamordowana (wyrok ten faktycznie zależał od naczelników Wydziałów Jana Wołkowa i Józefa Bika).
Kierownictwo Kierownicy: Grzegorz Korczyński (od 4 kwietnia do 7 czerwca 1945) Józef Krakowski (p.o. od 8 czerwca do 4 września 1945) Grzegorz Korczyński (od 5 września 1945 do 21 marca 1946) Józef Mrozek (od 22 marca 1946 do 28 lutego 1947) Artur Jastrzębski (od 1 marca 1947 do 14 marca 1948) Józef Jurkowski (od 15 marca 1948 do 15 sierpnia 1950) Tadeusz Radoszewski (p.o. od 1 sierpnia 1950 do 29 czerwca 1951) Marian Cieślak (od 20 maja 1951 do 31 sierpnia 1953) Ryszard Matejewski (od 1 września 1953 do 30 czerwca 1954) Henryk Żmijewski (od 16 sierpnia 1954 do 9 grudnia 1954)
Podział organizacyjny Wydział I (kontrwywiad) 22 września 1949 - naczelnik Stanisław Supruniuk
Wydział II 11 kwietnia 1945 - nacz. Erazm Żmijewski
Wydział III 1 stycznia 1946 - nacz.