Zarówno zmiana właściciela, jak i stadionu (klub przeniósł się na Estadio Corregidora) niewiele pomogły i Atlante drugi raz spadł do drugiej ligi meksykańskiej.
Drugie mistrzostwo Podnoszący się z upadku klub wrócił na stadion Estadio Ciudad de los Deportes. W sezonie 1990/91 Atlante po trzech meczach i rzutach karnych w finale z klubem Pachuca zdobyło mistrzostwo drugiej ligi meksykańskiej i wrócił do pierwszej ligi.
W sezonie 1991/92 Atlante spisywało się znakomicie i zajął pierwsze miejsce w tabeli. W ćwierćfinale przeciwnikiem był klub Cruz Azul. W poprzednich sezonach równy bilans bramkowy w dwumeczu awansował klub, który miał wyższą pozycję w tabeli. Jednak reguły zmieniono i tym razem awansował klub, który zdobył więcej bramek na wyjeździe. Po wyrównaniu stanu piłkarze Atlante sądzili, że awans mają zapewniony. Gdy zdali sobie sprawę, że dzięki bramce wyjazdowej awansują przeciwnicy, ruszyli do gwałtownej ofensywy. Zabrakło jednak czasu i do półfinału awansował Cruz Azul. Mistrzem w tym sezonie został klub León.