Po czterech sezonach z pomocą swego właściciela generała José Manuela Nuñeza (emerytowany wojskowy osobiście poproszony przez byłego prezydenta Meksyku Lázaro Cárdenasa o opiekę nad klubem) oraz dzięki znakomitemu graczowi Horacio Casarínowi klub w sezonie 1946/1947 sięgnął po swoje pierwsze w historii mistrzostwo Meksyku. Finałowy mecz przeciwko Leónowi obejrzało 48 622 widzów (łącznie z aktualnym wówczas prezydentem państwa Miguelem Valdésem, który nawet zszedł po meczu na boisko, by zrobić sobie fotografię z zawodnikami Atlante). Przed tym wydarzeniem w roku 1945 klub ustanowił rekord Ameryki Łacińskiej zdobywając w jednym sezonie 121 bramek w 30 meczach (średnia ponad 4 gole na mecz). Atlante stał się także pierwszym meksykańskim klubem, który w sezonie 1941/1942 sięgnął po tytuł Campeón de Campeones.