Starostą powiatu brodnickiego oraz kierownikiem powiatowej organizacji partyjnej (Kreisleiterem) mianowano natomiast Ericha Petersa.
W drugiej dekadzie września 1939 na terenie powiatu brodnickiego operował jeden z pododdziałów Einsatzgruppe V – specjalnej grupy operacyjnej (Einsatzgruppen) niemieckiej służby bezpieczeństwa i policji bezpieczeństwa, której zadaniem było „zwalczanie wszystkich wrogich Rzeszy i Niemcom elementów na tyłach walczących wojsk” oraz „ujęcie osób niepewnych pod względem politycznym”. Pod koniec września w mieście ulokowano natomiast jedną z filii Einsatzkommando 16 – specjalnej grupy operacyjnej utworzonej na bazie gdańskiego Gestapo, której podstawowym zadaniem była likwidacja polskiej inteligencji na terenach okupowanego Pomorza. We wrześniu 1939 w Brodnicy zorganizowano również 20-osobowy posterunek Schutzpolizei (policji ochronnej). Szczególną rolę w antypolskich działaniach odgrywał jednak Selbstschutz – paramilitarna formacja złożona z przedstawicieli niemieckiej mniejszości narodowej zamieszkującej terytorium przedwojennej Polski. Na terenie willi przy ul. Ogrodowej 23 w Brodnicy (tzw. Willa Krasińskiego) ulokowana została siedziba I Inspektoratu Selbstschutzu, obejmującego zasięgiem swojego działania powiaty brodnicki, nowomiejski i rypiński.