W 1897 roku Rothert przeniósł się na Uniwersytet Charkowski, w 1900 mianowany profesorem zwyczajnym. Od 1902 do 1908 roku profesor Imperatorskiego Uniwersytetu Noworosyjskiego w Odessie. Z powodów politycznych musiał opuścić katedrę; udał się wtedy w podróż na Cejlon i Jawę. W 1910 roku w Krakowie, jego kandydatura na profesora Uniwersytetu Jagiellońskiego nie została zaaprobowana przez Ministerstwo Oświaty w Wiedniu. W Krakowie pozostał do 1914 roku. Podczas I wojny światowej przebywał w Norwegii, stamtąd udał się do rodziny w Saratowie. Odbył podróż do Azji Środkowej i na Kaukaz. W 1915 roku Nawaszin oferował mu możliwość pracy w pracowni botanicznej w Kijowie, jednak z powodu działań wojennych Rothert był zmuszony wyjechać do Petersburga. Pracował naukowo w tamtejszym Muzeum Botanicznym u Famincyna. Zmarł na grypę w wieku 53 lat.