W 1946 roku publiczne szkolnictwo artystyczne w Polsce przeszło pod patronat Zarządów Miejskich. Wtedy to, w myśl rozporządzenia ówczesnego Ministra Kultury i Sztuki (pismo Ministra Kultury i Sztuki, Departament Muzyki (L.dz. 2969/13427/46) z dnia 14.08.1946 roku skierowanego do Wydziału Kultury i Sztuki Urzędu Wojewódzkiego w Gdańsku), gdańska Miejska Szkoła Muzyczna uległa podziałowi na Miejską Niższą Szkołę Muzyczną i Miejską Średnią Szkołę Muzyczną. To moment, w którym dokonało się organizacyjne usamodzielnienie tych palcówek, mimo że nadal wspólnie zajmowały budynek willi przy alei Rokossowskiego 48 (obecnie Al. Zwycięstwa 48, budynek nie istnieje), w którym również znajdowała lokum gdańska Umuzykalniająca Szkoła Muzyczna. Pierwszym dyrektorem szkoły średniej został Roman Kuklewicz – skrzypek i chórmistrz, piastując tę funkcję do 1951 roku. Wspólną administracją szkół zajmował się Emilian Pardus, który po nim na okres roku objął stanowisko dyrektora.