Przekonany, iż rząd lidera zamachu stanu, Jeorjosa Papadopulosa prowadził zbyt liberalną politykę, zorganizował drugi zamach, w czasie którego Papadopulos został obalony. Po zwycięstwie drugiego puczu Joanidis objął faktyczną władzę w państwie, chociaż oficjalnie prezydentem Grecji został gen. Fedon Gizikis.
Upadek Joanidisa i rządów czarnych pułkowników nastąpił po wydarzeniach na Cyprze w 1974. Z inicjatywy junty, dążącej do natychmiastowej realizacji idei enosis – przyłączenia Cypru do Grecji – 15 lipca 1974 grecko-cypryjska nacjonalistyczna podziemna organizacja bojowa EOKA 2 zbrojnie obaliła demokratyczny rząd prezydenta Makariosa III, powołując Rząd Ocalenia Narodowego z Nikosem Sampsonem na czele. Joanidis wierzył, że przyłączenie Cypru do Grecji pomoże podnieść prestiż jego rządu. Pod pretekstem obrony tureckiej mniejszości, 20 lipca 1974 rozpoczęła się pierwsza faza interwencji zbrojnej Turcji na wyspie. 22 lipca 1974, wobec szybkich sukcesów militarnych Turków, nieuznany przez społeczność międzynarodową rząd Sampsona podał się do dymisji. Makarios III powrócił na urząd prezydenta. . W rezultacie opisywanych wydarzeń jeszcze w lipcu 1974 junta grecka ustąpiła. 23 lipca Fedon Gizikis telefonicznie zaprosił do utworzenia nowego cywilnego rządu Konstandinosa Karamanlisa.