Za tę działalność została aresztowana i skazana na 3 miesiące więzienia, z możliwością zamiany na karę grzywnyLudwika Życka, „Krótki rys dziejów tajnej oświaty polskiej na Ziemi Wileńskiej od 1880 – 1919”, Wilno 1932, str. 6-7 i 19.

Apolonia Makowska, jako kierowniczka polskiej czytelni, jest wymieniana w gronie kobiet wileńskich, które położyły największe zasługi dla rozwoju szkolnictwa w Wilnie i na Wileńszczyźnie po 1890 r. w ramach tajnego stowarzyszenia „Oświata”.

Apolonia Makowska weszła do zarządu „Towarzystwa Równouprawnienia Kobiet”, założonego przez Emilię Węsławską w 1908 r. To stowarzyszenie przez dwa lata prowadziło działalność edukacyjną, organizując cykle odczytów dla inteligencji i pogadanek dla ludu o różnorodnej tematyce.

W latach okupacji niemieckiej, po 1915 r. Emma Jeleńska – Dmochowska założyła „Związek Patryotek Polskich”, do którego zarządu weszła również Apolonia Makowska. Celem działalności tej organizacji było „uświadomienie polityczne szerszych warstw oraz informowanie zagranicy o nadużyciach okupacyjnych, nastrojach ludności i jej pragnieniu łączności z Polską.”. Dane, gromadzone przez członkinie związku, wysyłane do Warszawy i Szwajcarii, w latach 1916 – 18 były prawie wyłącznym źródłem informacji o sytuacji na Wileńszczyźnie.