Rozmiary Wnętrze puszki mózgowej było w sporej części zniszczone, jednak za pomocą tomografu komputerowego oszacowano objętość jej lewej połowy na około 20 cm³, co daje około 40 cm³ objętości całej puszki mózgowej. Na podstawie stosunku tej wartości do szerokości pomiędzy kośćmi bocznopotylicznymi (wynoszącej u Aegisuchus 23 cm) oszacowano długość całego zwierzęcia na 15–21 m (jeśli kształtem bardziej przypominałoby gawiala) lub 16–22 m (jeśli pod tym względem byłoby bliższe rodzajowi Crocodylus), co oznaczałoby, że – nawet przy przyjęciu minimalnej wartości – Aegisuchus byłby największym znanym krokodylomorfem. Autorzy przyznają jednak, że szacowanie rozmiarów całego zwierzęcia na podstawie wielkości czaszki, w dodatku tak niekompletnej, jest obarczone dużym ryzykiem błędu, a długość przekraczająca 15 m niemal z pewnością jest przeszacowana. Niewątpliwie jednak Aegisuchus i tak osiągał bardzo duże rozmiary i jest jednym z największych krokodylomorfów.