W nocy 23-24 lipca 1911 roku kościół został uszkodzony przez pożar spowodowany uderzeniem pioruna w wieżę.
W posiadaniu zakonu kapucynów Od 1945 kościół jest w posiadaniu zakonu kapucynów. Dzięki gwardianom, o. Bogusławowi Rosochackiemu i o. Józefowi Korzeniowskiemu, kościół został gruntownie przebudowany i powiększony w latach 1974–1978 według projektu Tadeusza Ignatowicza oraz Józefa i Jerzego Hermanowiczów. Zmodernizowana świątynia została poświęcona podczas Pasterki w roku 1978 przez prowincjała, o. Pacyfika Dydycza. Świątynia nie jest konsekrowana. Właśnie w tym kościele w dniu 29 stycznia 1995 roku po raz pierwszy modlili się wspólnie dawni i obecni mieszkańcy Gorzowa, przekazując sobie wzajemnie znak pokoju i inaugurując coroczną tradycję Dnia Pamięci i Pojednania.
Galeria thumb|300px|center|Wnętrze kościoła
Bibliografia
Historia parafii i kościoła
Antoniego Antoniego Padewskiego i św. Stanisława Kostki Kategoria:Świątynie pod wezwaniem św. Antoniego Padewskiego Kategoria:Świątynie pod wezwaniem św. Stanisława Kostki Kategoria:Architektura neoromańska w województwie lubuskim Antoniego i Stanisława Kostki Kategoria:Kościoły kapucynów w Polsce Kategoria:Kościoły w dekanacie Gorzów Wielkopolski – Katedra