W tym samym czasie pełnił służbę w macierzystej jednostce, przemianowanej na 75 pułk piechoty na stanowisku dowódcy 7 kompanii.
Latem 1939 był w sztabie pododcinka obrony granicy południowej „Nowy Sącz”. Po wybuchu II wojny światowej w kampanii wrześniowej walczył na stanowisku kwatermistrza 2 Brygady Górskiej Strzelców w rejonie Jasła i Krosna. Nie oddał się do niewoli i po nastaniu okupacji niemieckiej zaangażował w działalność konspiracyjną. Najpierw działała w Służbie Zwycięstwu Polski, następnie w Związku Walki Zbrojnej – od lipca 1940 jako inspektor Inspektoratu ZWZ Jasło. Sprawując to stanowisko przebywał w Krośnie, a potem w Orzechówce. Po objęciu przez niego stanowiska rozpoczęto wydawanie w tym rejonie gazetki konspiracyjnej od grudnia 1940Andrzej Zagórski, Konspiracja w Sanoku w okresie okupacji, W latach drugiej wojny światowej i konspiracji, w: Sanok. Dzieje miasta, Praca zbiorowa pod redakcją Feliksa Kiryka, Kraków 1995, s. 720.. W czasie fali aresztowań w pierwszej połowie lutego 1942 wprawdzie wyjechał z Orzechówki, lecz został zatrzymany w Białobrzegach. W lutym 1942 został aresztowany przez Gestapo w ramach zatrzymania całego Inspektoratu ZWZ Jasło (Krosno)Andrzej Zagórski, Konspiracja w Sanoku w okresie okupacji, W latach drugiej wojny światowej i konspiracji, w: Sanok.