Wcześnie osierocony, dla zachowania swoich dóbr dziedzicznych związał swoją karierę polityczną z rodem Habsburgów. 22 października 1549 w imieniu Ferdynanda I Habsburga (wtedy brata cesarza Karola V, późniejszego cesarza) wziął udział w Mantui w zaślubinach jego córki Katarzyny Habsburżanki z Franciszkiem III Gonzagą. Prawdopodobnie właśnie wtedy nauczył się włoskiego i przez kilka miesięcy studiował na Uniwersytecie w Padwie.
Władca Siedmiogrodu W obliczu najazdu tureckiego na Węgry, Stefan Batory zmienił swoje sympatie polityczne i związał się z obozem narodowym wspierającym Zápolyów. 22 października 1556 witał w imieniu szlachty węgierskiej powracającą z Polski Izabelę Jagiellonkę. Na czele wojsk siedmiogrodzkich stoczył 4 marca 1562 krwawą bitwę z wojskami cesarskimi pod Hadad, zakończoną podpisaniem krótkotrwałego rozejmu. Król Jan II Zygmunt Zápolya wysłał go w 1563 r. w misji dyplomatycznej do Wiednia, która jednak zakończyła się niepowodzeniem. 13 marca 1565 w Satmarze wynegocjował wstępne porozumienie pokojowe z cesarzem Maksymilianem II Habsburgiem. Jednak wobec groźby kolejnego najazdu tureckiego i na skutek zmiany orientacji polityki zagranicznej Zápolyi, został przez Austriaków internowany w wiedeńskiej karczmie. Dopiero w 1567 r.