W sezonie 2006/2007 zagrał w 32 meczach, strzelił trzy bramki i zaliczył dziewięć asyst.
W barwach Wisły rozegrał w ekstraklasie 51 spotkań, w których strzelił trzy bramki.
Borussia Dortmund
22 lutego 2007 Wisła Kraków poinformowała, że Błaszczykowski przejdzie po zakończeniu sezonu 2006/2007 do klubu Borussia Dortmund, z którym zawodnik tego samego dnia podpisał czteroletni kontrakt. Transfer kosztował niemiecki klub 3 mln euro. Na prośbę kierownictwa klubu na swojej koszulce piłkarskiej umieścił zdrobnienie swojego imienia, ponieważ Niemcy mieli kłopoty z prawidłowym wymówieniem jego nazwiska. Swój pierwszy (nieoficjalny) mecz w barwach Borussii rozegrał 12 lipca 2007 w Brnie przeciwko belgijskiemu zespołowi RSC Anderlecht, a w trakcie spotkania strzelił swojego pierwszego gola jako gracz niemieckiego klubu. Po tym spotkaniu został uznany za najlepszego piłkarza meczu. 4 sierpnia 2007 zadebiutował oficjalnie jako zawodnik Borussii podczas wygranego 4:1 meczu z 1 FC Magdeburg. 12 sierpnia 2007 w spotkaniu z MSV Duisburg po raz pierwszy zagrał w Bundeslidze, a 25 kwietnia 2008 w meczu przeciwko Eintrachtowi Frankfurt strzelił swojego pierwszego gola w lidze niemieckiej.