Zainteresowania naukowe Kawczyńskiego obejmowały historię literatury i języka francuskiego, historię literatury włoskiej i hiszpańskiej w okresie średniowiecza i Odrodzenia, gramatykę historyczną, filologię klasyczną, pedagogikę. Badał m.in. historię rytmów w języku francuskim. Przeprowadził krytyczne interpretacje tekstów Nicolasa Boileau, Torquato Tassa, trubadurów prowansalskich. Zajmował się również działalnością redakcji czasopism angielskich w XVIII wieku. Interesował się wpływem Apulejusza na literaturę średniowieczną; ogłosił przekład Amora i Psyche Apulejusza (1901). Był uczestnikiem głośnych dyskusji lingwistycznych Jana Baudouina de Courtenay (1897–1899), prowadził liczne polemiki, często w mocno krytycznym tonie. Współpracował z czasopismem „Oświata” (1866–1867).

Do grona jego studentów należeli m.in. Roman Dyboski, Tadeusz Grabowski, Maurycy Mann, Mikołaj Rudnicki.