15 października 1907 erygowano parafię w Małkowie, podległą eparchii chełmskiej, zaś 11 listopada tego samego roku gotową cerkiew poświęcił jej ordynariusz, biskup Eulogiusz. Świątynia funkcjonowała przez osiem lat, do przymusowej ewakuacji prawosławnej ludności wsi w ramach bieżeństwa. Po I wojnie światowej cerkiew nie wznowiła działalności z powodu braku duchownego, zaś w 1920 decyzją polskiej administracji została na stałe zamknięta. Klucze do niej przekazano do starostwa w HrubieszowieNa mocy tej samej decyzji zamknięto cerkwie w Łaskowie, Kryłowie, Modryniu i Prehoryłem, tworząc jedną parafię z cerkwią w Szychowicach. Liczyła ona 5332 wiernych.. W kolejnych latach mieszkańcy Małkowa wielokrotnie apelowali o ponowne otwarcie cerkwi, podnosząc m.in. fakt, iż wyznawcy prawosławia stanowili większość mieszkańców wsi. Nigdy jednak nie uzyskali pozytywnej odpowiedzi – ani na podania o otwarcie cerkwi na stałe jako filii parafii w Szychowicach, ani na zezwolenie na odprawienie w niej nabożeństwa z okazji jednego z dwunastu wielkich świąt prawosławnych.