Od 1946 r. pracował stale we Wrocławiu. W latach 1946–1951 był profesorem nadzwyczajnym Uniwersytetu Wrocławskiego, przez krótki czas (w 1951 r.) pełnił funkcję dziekana Wydziału Rolniczego tej uczelni. Od 1951 r. był profesorem wrocławskiej Wyższej Szkoły Rolniczej, dziekanem Wydziału Rolniczego (1951–1954) i prorektorem (1956–1959); od 1956 r. profesor zwyczajny.

Od 1964 r. Boratyński był członkiem korespondentem, a od 1973 r. członkiem rzeczywistym PAN; w latach 1961–1964 pełnił funkcję wiceprezesa Polskiego Towarzystwa Gleboznawczego.

Otrzymał tytuły doktora honoris causa Wyższej Szkoły Rolniczej w Poznaniu (1969) i Akademii Rolniczej we Wrocławiu.

W pracy naukowej zajmował się chemią nawozów mineralnych, chemią i fizyką gleb, procesami próchniczymi w glebie, geografią gleb.