Ruch harcerski na Litwie odrodził się w roku 1989 wraz z odrodzeniem narodowym. Do jego odbudowy przyczynili się instruktorzy z Polski. Pod przewodnictwem hm. Wiesława Turzańskiego grupa instruktorów ze Związku Harcerstwa Rzeczypospolitej przyjechała do polskich szkół w Wilnie. Wsparcie finansowe zapewniły główne organizacje i fundacje z Polski oraz innych krajów (m.in. Kanady, USA, Wielkiej Brytanii).
Pierwszy Zjazd ZHPnL zwołano 13 grudnia 1989 roku w Wilnie. Pierwszym przewodniczącym został Walery Tankiewicz. Dzięki jego staraniom 8 stycznia 1991 roku ZHPnL został oficjalnie zarejestrowany na Litwie. W 1995 roku aktywną pracę rozpoczęto z najmłodszymi członkami organizacji - zuchami. 31 marca 1996 roku powstał "Wileński Hufiec Maryi imienia Pani Ostrobramskiej", który z biegiem lat przekształcił się w samodzielną organizację. Już w 2000 roku ZHPnL liczył ponad 1000 członków.
Obecnie ZHPnL liczy ponad 740 aktywnie działających członków w drużynach harcerskich i wędrowniczych, zuchów w gromadach zuchowych, oraz liczne grono instruktorów.
W 2019 r. Związek otrzymał od Instytutu Pamięci Narodowej nagrodę „Semper Fidelis”. W 2024 otrzymał Medal „Milito Pro Christo”.