chór przystąpił do Stowarzyszenia Chórów Kościelnych oraz brał udział w konkursie chórów, w którym zajął jedno z czołowych miejsc.
9 września 1939 r. na Starym Rynku w grupie zakładników został rozstrzelany ostatni przedwojenny opiekun chóru – ks. Piotr Szarek. 21 marca 1941 roku gestapo zamknęło świątynię parafialną dla kultu religijnego i zakazało działalności chóru.
Reaktywacja zespołu nastąpiła w maju 1945 roku. Początkowo dyrygentem był ponownie T. Noskiewicz, później jego miejsce zajął Paweł Podejko. Kolejnymi dyrygentami byli: Feliks Małecki (1948–1950), Antoni Rymarczyk (1950–1960). W latach 40. chór występował nie tylko we własnej świątyni parafialnej, ale także w innych kościołach bydgoskich, na falach bydgoskiej Rozgłośni Polskiego Radia oraz brał udział w konkursach chórów kościelnych. 1 lutego 1949 r. uświetniał ingres nowego prymasa ks. arcybiskupa Stefana Wyszyńskiego w Bydgoszczy.