W maju 1946 objął dowództwo obrony obszaru Jerozolimy, obejmując w listopadzie 1947 roku dowództwo Brygady „Ecjoni”. Wskutek negatywnych raportów o stanie obrony miasta, Amir został w styczniu 1948 roku odwołany. W lutym wysłano go do Europy z zadaniem organizacji nielegalnej imigracji żydowskiej do Palestyny. Gdy zbliżał się termin końca brytyjskiego Mandatu Palestyny, Amir powrócił do kraju. W dniu 16 maja 1948 roku tymczasowy premier Dawid Ben Gurion mianował go dowódcą Szerut Avir, które zostało następnie zreorganizowane w Siły Powietrzne Izraela. Rozbudowa lotnictwa odbywała się w niezwykle trudnych czasach I wojny izraelsko-arabskiej. Obchodząc embargo na dostawy broni do krajów uczestniczących w wojnie, Amir organizował zakup samolotów myśliwskich Avia S-199 i samolotów bombowych Boeing B-17 Flying Fortress z Czechosłowacji. Organizował funkcjonowanie lotnisk, tworzył struktury służb technicznych i zaopatrzeniowych, założył szkołę techniczną lotnictwa.
W sierpniu 1948 roku został mianowany szefem ds. uzbrojenia w Ministerstwie Obrony Izraela, a w styczniu 1952 roku szefem personelu w ministerstwie.